Ова место во Скопје е доста стара населба и се претпоставува дека тука имало населби уште од периодот на антката со оглед на близината на археолошкиот локалите Таор и археолошките пронајдоци во околината.
Во селото Зелениково постои познатиот стар манастир кој е повторно изграден во 19 век, а кој бил најпрвин изграден уште пред доаѓањето на Турците. Денешното село Зелениково настанало пред 260 години на синорот на раселеното село Џиглигово.
Веднаш по основањето Зелениково било почифличено и дадено како награда на некој турчин-муслиман од Скопје кој се истакнал во војната со некоја христијанска земја. Македонскиот просветител Јордан Хаџи-Константинов - Џинот во својот напис „Јужна страна скопска“ објавен во „Цариградски весник“ на 1 мај 1855 година за Зелениково запишал дека е село расположено до Вардар со една разрушена црква и древни знаменитости.
Можно е за овие овие древни знамиенитости Јордан Хаџи-Константинов - Џинот да ги сметал остатотицте од блискиот древен град Тауресиум. До пред крајот на отоманското владеење во Зелениково чифлици имале браќата Јакуп и Зеќир-бег и нивните роднини Џавид и Ќамил-бег, а помал чифлик успеал да направи и еден Македонец муслиман од селото Пагаруша по име Исен ефендија, сите овие чифлик-сајбии имале свои субаши кои ги застапувале во селото, а биле од околните планински села. Една од беговските кули со препознатлив изглед постои и денес во селото Зелениково и е во крајно лоша и разрушена состојба. Од чифлигарството селаните Македонци успеале да се ослободат во периодот од 1912 до 1925, кога се стекнале со сопственост на земјата која ја обработувале преку откупување или аграрна реформа.
За настанокот и развитокот на населбата Станица Зелениково од најголемо значење биле сообраќајот и трговијата. Железничката станица на пругата Скопје - Солун била изградена уште во 1873 година. Во 1928 година куќа изградил Арсовски Диме, трговец од Велес, кој бил првиот доселеник кој се населил околу станицата за постојано, а по него започнало да се доселува и друго население, претежно трговци и занаетчии.
До крајот на Втората светска војна во Станица Зелениково имало 3 бакалници, 2 меани и по една фурнаџиска, месарска, кројачка, берберска и ковачка работилница, а преку оваа населба се вршела и трговијата и извозот на дрва и ќумур од планинските села од поречието на Кадина Река. Поради својата централна положба за повеќе села од поречието на Кадина Река и Таорската Клисура во ова место и денес е седиштето на Општина Зелениково и централното основно училиште и сите административни и поголеми економско-стопански објекти.
За време на Втората светска војна бил изграден регулационен план за населбата, а населението започнало со изградба на црква која сакале да ја посветат на Свети Наум. По ослободувањето и големиот развој во шеесетите и седумдесетите години на ХХ век во Зелениково и Станица Зелениково започнува да се доселува огромен број на македонско население од блиските и соседни села Градовци, Ново Село, Пакошево, а се доселиле и Македонци од други поблиски и подалечни краишта како селото Карабуниште и други села во Велешко, па дури и од краишта во Западна Македонија како Охридско и Кичевско, претежно како работници на железничката пруга, но и како земјоделци.
Населбата Станица Зелениково е основана на земјиште кое припаѓало на соседното село Страхојадица, поради тоа во шеесетите години на ХХ, муслиманите од тоа село кои се иселувале во Турција дел од своите имоти ги продале на Бошњаци од областа Санџак во Србија и Црна Гора кои исто така биле на пат за иселување во Турција, па така сосема на самиот крај на населбата после железничката станица и последната станица на автобусот 67 има помал број на куќи во кои живеат Бошњаци.
Селото Зелениково го добило своето име поради растението зеленика (лат. Buxus, позната и како шимшир), која е многу застапена на ридовите над Зелениково. Од дрвото на ова растение се изработуваат дрвени порти, греди и музички инструменти како кавали по кои се познати свирачи кои и денес живеат во Зелениково. Дополнително објаснување е извонредно зелената околина на селото Зелениково во чиј атар нема карпести или голи места.
