Ова скопско село се наоѓа во западниот дел на Скопската котлина на 13 километри оддалеченост од центарот на градот Скопје.
Селото Шишево постои уште од средновековниот период. За тоа сведочат и остатоците и рушевините од средновековни манастири во месноста Манастириште која се наоѓа североисточно високо на ридовите над селото на патот кон Горни Грчец, како и пишаните докази во кои се споменува селото Шишево од кои најстариот потекнува од XIV век.
Со доаѓањето на Турците, се менува етничкиот состав на селото со населување на неколку турски семејства но селото сепак го задржува својот македонски и христијански карактер кој го држи и ден денеска. Во текот на отоманскиот период, Шишево било село во Сарајот на Скопскиот бег кој тука имал изградено своја кула и конаци (од кои денес нема никакви остатоци) поради благопријатната клима и местоположба на селото на излезот од кањонот Матка, а во овој период селото го носело името „Качепури“. Доста стари пишани докази за Шишево се наоѓаат во турските пописни дефтери од XV век, односно од опширниот пописен дефтер бр. 12 за Скопскиот вилает од 1452/53 година, каде за селото Шишево е запишано дека во него живееле со 21 христијански македонски семејства кои произведувале пченица, јачмен, овес, 'рж, просо, грав, бостан, лен, одгледувале лозја, чувале свињи и пчели и работеле една воденица со три камења и една валавница за што се остварувал севкупен обрт од приходи и давачки од 3151 акче.
Подоцна во XIV век во пописните дефтери од 1544 година Шишево имало 57 македонски христијански и 1 исламизирано муслиманско семејство, а во 1568 година биле регистрирани 72 христијански семејства. Во пописните дефтери од 1544 и 1568 година има податоци дека ова село од султанот Бајазит ѝ било доделено на жена му на Мустафа паша како мулк.
Подоцна, таа го увакуфила ова село при завието што го изградила близу мостот, за што населението од Шишево било задолжено да го одржува и чува мостот, поради што било ослободено од сите редовни и вонредни државни даноци, како и од давање на војници - азапи, черахари, улаци, јаничари и сегбани, а исто така биле ослободени и од давање работници за поправки на тврдини (хисари). Македонскиот просветител Јордан Хаџи-Константинов - Џинот во својот напис „Јужна страна скопска“ од 21 мај 1855 година, во „Цариградски весник“ за селото Шишево (кај него стои Шешево) запишал дека е основано на реката Треска до манастирите Свети Никола и Свети Андреја. Понатаму тој запишал дека во селото има стара црква со едно кубе, храм Свети Никола (т.е. денешната Свети Атанасиј), со славјански ракописи, како и 6 цркви разорени и други старини. Кон почетокот на ХХ век се забележуваат првите населувања на Албанци на местото од Турците.
Најстариот запис во кои се споменува селото со името Шишево потекнува од црковните манастирски записи од XIV век, а со тоа име се среќава и во манастирскиот поменик на манастирот Матка и турските документи од XVI век. Постојат неколку научни претпоставки кои сметаат дека името на селото Шишево потекнува од човечко (антропонимско) именување: 1. заштитно име; 2. скратен и нагален облик (хипокористица) од личното име Шишман < Шиш(е)-ман или од тур. şişman со значење на 'дебелко'; 3. придавско образување од старото лично име Шише или Шишо од Шишман.
