Во 14 век Скопје станал втора царска престолнина на српскиот цар Душан. Во тој период градот имал не само политичко туку и културно значење заради обновувањето и изградбата на многу цркви, манастири, болници и сл.
Благодарејќи на својата географска положба, Скопје се издигнал како важен трговски и економски центар. Биле изградени анови во кои се одморале трговски каравани кои оделе сe повеќе во правец кон Скопје, отколку кон Запад. Градот тргувал и со Византија-Солун и со Дубровник.
Македонија под српска власт во средниот век
Во 1282 година, српскиот крал Стефан Урош II Милутин го освоил Скопје, со што градот влегол во составот на Рашка, а подоцна и во рамките на средновековната српска држава. Овој период се одликува со изградбата на многубројни црквии, манастири и дворци во и околу градот. За време на својот престој во Скопје, во 1299 и 1300 г., византискиот пратеник Теодор Метохит забележал дека освен Горенград, постои и Доленград, кој бил заштитен со ѕидини.
Како најсветол период од српското владеење се смета времето на царот Стефан Душан, кој во 1345 година го прогласил Скопје за престолнина на својата држава, а веќе следната година бил во него и крунисан за цар. Во негово време градот, општо, се наведува како главно трговско место со развиено занаетчиство, каде што посебна улога имале дубровничките и венецијанските трговци.
Според Стојан Новаковиќ и Гедеон Јуришиќ, за време на владеењето на царот Душан дури бил изграден и Куршумли-ан, кој служел како воена касарна. Освен тоа, некои автори сметаат дека на местото на денешната Султан-муратова џамија се наоѓал и Душановиот царски дворец.
По смртта на Стефан Душан, градот бил под српска власт сè до 1392 година, кога Вук Бранковиќ им го предал на Отоманците, со што влегол во рамките на Отоманската Империја.
Што се случувало со Македонската православна црква во времето на Душан
Кога српската држава почнала да се шири на југ, на Македонската православна црква и биле одземени некои епархии и биле потчинети под јурисдикција на Српската православна црква. Кога царот Душан завладеал со целата територија на Македонија во неговата држава се нашле две автокефални архиепископии Охридската и Пеќката.
Набргу Душан решил да се прогласи за цар. Според средновековните закони, царската круна можел да ја добие само од патријарх. Затоа било потребно Пеќката архиепископија да биде прогласена за патријаршија.
Во 1346 година на Соборот одржан во Скопје архиепископот Јоаникиј II бил прогласен за патријарх на Српската православна црква, а подоцна од неговите раце Душан ја примил круната. На крунисувањето биле присутни и Охридскиот и Трновскиот архиепископ.
Охридската архиепископија за време на цар Душан наполно се осамостоила. Ова веројатно се случило како еден вид награда за подршката која Македонската црква му ја дала на царот Душан при неговото крунисување. Архиепископот веќе не бил назначуван од царот туку бил избиран од епископите, што тој ги поставувал без да се меша државната власт.
Архиепископијата продолжила да биде духовен и културен центар за Македонците, кои всушност го сочинувале целото нејзино стадо. Стефан Душан се однесувал коректно и со почит кон Македонската православна црква – Охридската архиепископија. Сите промени во српската држава и црква станувале со учество и благослов на Македонскиот архиепископ.
Во тоа време Македонската православна црква била во добра материјална положба. Душан, а потоа и неговите наследници, како политичка власт во Македонија ја помагале Архиепископијата, и во тоа време биле изградени и обновени бројни цркви и манастири на нејзината територија.
Јурисдикцијата на Македонската православна црква – Охридската архиепископија по распаѓањето на Душановото царство била разделена во повеќе деспоства меѓу кои и кралството на Волкашин во кое влегувало и седиштето на Архиепископијата, градот Охрид.
Кралот Волкашин, а по него и неговиот син Марко ја почитувале автокефалноста на Охридската архиепископија. Таа претставувала единствен црковен авторитет во државата на Волкашин.
И Охридските архиепископи, но и прилепските кралеви се потпирале врз етнографската целина на македонскиот народ. Во негово време Македонската православна црква се издигнала во секој поглед и се проширила територијално.
Кон неа биле приклучени епархиите: Скопска, Кичевска и Призренска.
