Градот Скопје во текот на своето постоење во зависност од историските прилики бил именуван со различни имиња. Античкото име е Скупи (латински: Scupi).
Во византиските документи градот е забележан како Скопија, а Словените го означувале и како Скопiе, Скопље. За време на владеењето на цар Самоил, Скопје станува дел од Самоиловото Царство. Во подоцнежниот период градот потпаѓа под власт на Византија, Бугарија и Србија, а на 19 јануари 1392 градот го зазеле Османлиите и го добил името Ускуп (Üsküp).
Името на градот Скопје има различна транскрипција на различни јазици и култури. Градот е познат како Shkupi (Шкупи) на албански, Скопље/ Skoplje на српски/хрватски јазик, Scupi (Скупи) на латински, Скопье на руски, Skopiye (Скопије) на ромски, Σκόπια (Скопија) на грчки, Skopje на романски јазик, Üsküp (Ускуп) на турски, итн.
Најстарите сведоштва и археолошки пронајдоци тврдат дека Скопје е населен уште од 4000 г.п.н.е. Скопје за прв пат во документи се споменува од Клавдиј Птоломеј под древното име Скупи. Името Скупи (колиба, засолниште, стреа) за прв пат се јавува кај пајонското племе Агријани (Граи), кои живееле на овие простори.
